牙周病手術治療的優點(一)：改善視野，達到更完整清創
在非手術的牙周病療程，牙結石和牙菌斑藏在牙周囊袋裡面，是看不見的。醫師完全是憑經驗與手感盡量把牙周囊袋裡的牙結石與牙菌斑利用超音波洗牙機和牙周刮刀去除。
在比較深的牙周囊袋處，成效不足的主因在於視野與器械的限制。研究顯示，能夠完全清乾淨的牙周囊袋深度，僅平均4mm以下，而器械治療深度極限大約只有 6 mm。導致牙周囊袋深處的牙結石殘留，而在臼齒區平均超過一半在治療後都還有殘留牙結石。
牙周病手術治療的優點(二)：有效處理患齒附近的骨組織或軟組織
牙周病變嚴重時會造成齒槽骨破壞，常會使齒槽骨破損或產生缺陷。如果齒槽骨破壞成凹凸不平，也會造成即使經過第一階段牙周治療後，殘存有深度牙周囊袋。
經由牙周手術，牙周專科醫師會先將發炎組織清除乾淨，去除或減低殘存之牙周囊袋。經由骨修整或是填補骨粉、牙周再生技術恢復曾被破壞、失去的牙周組織，讓齒槽骨恢復成符合生理、易於維持口腔清潔的狀態。創造一個更理想的口腔環境維持牙齒和牙周的健康，這樣才能降低牙周病復發的風險，並且延長牙周病牙齒存活機率。